Mit 137 Kilometern Gesamtlänge hat Kroatien den, nach Moldawien und der Ukraine, kürzesten Anteil am Dunav (Donau), der im Dreiländereck mit Ungarn und Serbien bei Batina beginnt. Der Fluss bildet die natürliche Grenze zwischen Kroatien und Serbien. Infolge von Flussregulierungen liegen allerdings heute auf zwei kurzen Abschnitten beide Ufer in Kroatien. Die bedeutendste kroatische Stadt an der Donau ist Vukovar, das im Krieg mit Serbien schwere Schäden davontrug, aber auch Osijek liegt in Donaunähe, lediglich 20 Kilometer entfernt von der Mündung der Drau in die Donau. Der Naturpark Kopački rit liegt im Osten Kroatiens und befindet sich in der Nähe der Stadt Osijek, unweit der Draumündung. Zu diesem Gebiet gehören auch mehrere Flussarme und Seen in der Nähe der Donau. Es ist eines der größten und wichtigsten erhaltenen Sumpfgebiete in Europa.